Eine Beginengemeinschaft aus St. Gallen zog 1244 nach Magdenau und wurde von Papst Innozenz IV. dem Zisterzienserorden unterstellt. Das Gründungsdatum des Klosters ist der 3. April 1244. Magdenau wurde während der Reformation kurzzeitig aufgelöst, bald aber wieder besiedelt. Es besteht bis heute innerhalb der Mehrerauer Kongregation und liegt im Kanton St. Gallen ein paar Kilometer südlich von Flawil auf dem Gemeindegebiet von Degersheim. Die Klosterkirche ist ein Neubau von 1953, deren Pläne vom Architekten Anton Higi stammen.
Zum Klostergelände gehört auch die nur einen kurzen Fußweg entfernt gelegene, sehr alte Verenakirche: